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Analyse de l'expression de gènes chez Fusarium graminearum par RNA-seq sur plate - Bordeaux-Aquitaine Organisme : MYCSA - 1264 INRA - Bordeaux-Aquitaine Intitulé : Analyse de l'expression de gènes chez Fusarium graminearum par RNA-seq sur plate - Bordeaux-Aquitaine Objet : ...
INRA Bordeaux-Aquitaine 33883Villenave-d'Ornon
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Analyse de l'expression de gènes chez Fusarium graminearum par RNA-seq sur plate - Bordeaux-Aquitaine

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Marché public ou privé
Référence du marché : 677504

Etat : Première publication
Publié dans :
SOURCEWEB (26/04/13)

Organisme : MYCSA - 1264 INRA - Bordeaux-Aquitaine

Intitulé : Analyse de l'expression de gènes chez Fusarium graminearum par RNA-seq sur plate - Bordeaux-Aquitaine

Objet : Analyses RNA-seq (type Illumina RNA-seq) sur divers échantillons d'ARN total isolés de mycelia de Fusarium graminearum

Description : - Le projet consiste en 12 échantillons d'ARN total indépendants issus de Fusarium graminearum pour lequel un génome de référence est disponible (36 Mb, 13826 gènes annotés) ; - La qualité des échantillons doit être vérifiée avant la préparation des banques ; - Les banques de séquençage doivent être préparées en 6-plex avec purification des mRNA et sans sélection de taille sur gel d'agarose, et contrôlées et normalisées avant séquençage ; - Le séquençage doit être fait sur 2 lignes d'Illumina HiSeq paired-end 2x100 bp ; - La qualité du séquençage doit avoir été vérifiée avant la transmission des données ; - Les séquences des adapters et primers utilisés doivent être communiquées.

Critères attribution : - Rendement de séquençage garanti (en nombre de séquences par ligne) ; - Type de réactifs utilisés pour la préparation des banques ; - Qualité de séquençage garantie (en nombre de séquences qui passent le filtrage « chastity » tel qu'établi par Illumina) ; - Quantité de matériel biologique demandée au départ ; - Qualité du service d'accompagnement ; - Mode de délivrance des résultats ; - Délai de livraison ; - Prix des prestations ; - Prise en compte du développement durable. L'administration se réserve le droit de négocier.

Contact principal : Contact technique : Nadia PONTS nadia.ponts_at_bordeaux.inra.fr

Contact secondaire : Contact administratif : Corine GRIMALDI corine.grimaldi_at_bordeaux.inra.fr

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